CEFA将由菲律宾农业部下属的畜牧业局(BAI)、植物产业局(BPI)、渔业和水产资源局(BFAR)以及国家肉类检验局(NMIS)等食品安全和监管机构运营。菲农业部表示，菲律宾计划在苏比克湾自由港区、马尼拉国际集装箱港口等全国五个主要港口建设CEFA，CEFA建设完成后，将对所有进口农产品进行1000%检验，以确保该国的表渔业部门免受跨国病虫害的影响，并保护菲律宾人的健康和福利。
2023年7月22日，菲律宾农业部消息，为保障菲律宾食品安全，并阻止疫情疫病传入菲律宾，7月20日，菲律宾农业部在布拉干省建造了该国第一个边境农产品低温检查设施(CEFA),用于检测所有进口动物、鱼类、植物和其他农产品。
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