消毒剂浓度不能使用比生产商推荐的低，这是因为生产商根据已经建立的标准（如EN 1276以及其它）进行过消毒剂测试，而且待消毒物质表面必须有足够量的消毒使用溶液。因为，只有当物质的表面完全润湿消毒剂才有可能接触物质表面所有的微生物。另外，待消毒物质表面的机械力（如擦洗、抹、泡沫的应用或者封闭系统中的高流速）也可以提高消毒的效率。

一般情况下，在消毒后必须用饮用水去冲洗表面（因为所用的表面都与食品接触）。那么在推荐的接触时间还没达到前，不可以进行冲洗。如不需要冲洗（因为表面与食品没有直接接触，如地板），那么在接触时间还没结束前，表面完全干后就可以继续生产。

合适的pH值对许多消毒剂的杀毒效果也非常重要。除非有生产商的推荐，否则不能在没有中间过水的情况下在同一表面上混合或混用不同化学物质（如清洗剂和消毒剂）。如果相互混用消毒剂，有可能会引起消毒效率的降低，还有可能产生有毒气体。

温度对消毒也有一定影响，例如需要对冰冷的区域进行消毒（如冷藏室和冰箱），就必须考虑温度的影响，生产商通常会对在冰冷区域使用高浓度的消毒剂给出特别建议。

任何有机污垢的存在都会降低消毒效率，在许多案例中，有机污垢可以通过预清洗被去除。然而，预清洗在一些地方并不合适，由于被清洗设备的设计问题，预清洗难以实施。在多数情况下，都是通过提高消毒剂浓度来去除有机污迹的影响，此类问题已经被为消毒剂测试方法设计新欧洲标准考虑进去。为了达到规定标准的要求，测试必须分别在干净的条件和肮脏的条件下进行，测试的污迹也必须根据被测消毒剂的应用领域来选择。

正确的消毒剂必须考虑到某一特定的应用领域，否则具有固有抗性的微生物仍可以存活。例如，在某个领域发生噬菌体问题，那么必须使用被证明杀灭噬菌体有效的消毒剂，伏泰牌复方过氧乙酸消毒液就具有强效杀灭噬菌体的作用。被用做消毒测试的有机物必须是它们群体中最具有（固有）抗性的，以保证这些结果在该群体中是具有代表性的。这就是欧洲最新的标准（EN 1276，EN 1650以及其它）进行测试的情形。

综上，为了加强消毒效果，重要的是要选择强效的消毒剂，如复方消毒剂，并在正确的条件下使用。另外，应该监控消毒环境和消毒物质表面，防止区域微生物系产生，它的产生可能最终导致企业更换消毒剂或者对同一消毒剂使用浓度的提高。