“行政院农业委员会”（简称农委会）负责食品和农产品原材料的监管，但原料生产所涉及的环境标准的制定、发布则为“环境保护局”的职权。与农委会相关的法律法规、标准规范包括：《优良农产品验证管理办法》、《农产品标章管理办法》、《农产品生产及验证管理法》、《农产品生产及验证管理法施行细则》、《有机农产品验证机构认证作业要点》、《有机农产品及有机农产加工品验证管理办法》、《有机农产品及有机农产加工品检查及抽样检验结果处置作业要点》、《进口有机农产品及有机农产加工品管理办法》、《核发进口畜产品及畜产加工品有机标示同意文件审查作业要点》、《核发进口畜产品及畜产加工品有机标示同意文件审查作业要点》、《核发进口水产品及水产加工品有机标示同意文件审查作业要点》等。

      “行政院卫生署”于2013年7月23日改制为“卫生福利部”，包括6个三级机关：国民健康署、疾病管制署、食品药物管理署、中央健康保险署、社会及家庭署及国家中医药研究所，旨在打造以人为中心的卫生福利网。其中，“卫生福利部食品药物管理署”负责食品市场流通的监管，同时负责对市场中销售的食品进行抽检，以及食品的进出口监管。与之相关的法律法规、标准规范包括：《一般食品卫生标准》、《输入食品查验办法》（2010年12月30日修正为《输入食品及相关产品查验办法》）、《动物用药残留标准》、《重金属检验方法总则》、《食品卫生委托检验办法》、《农药残留安全容许量标准》、《食品添加物使用范围及限量暨规格标准》、《市售包装食品营养标示规范》、《健康食品申请许可办法》、《健康食品管理法》、《健康食品查验委托办法》、《健康食品安全性评估方法》等。

     标准检验局（BSMI）是依据经济部组织法成立的台湾最高商品检验机构，负责商品的标准、检验与计量，依据《商品检验法》受理输出食品厂商的委托检验。2011年以前，经济部标准检验局负责食品的进出口管制环节，2011年后划归卫生福利部负责。与之相关的法律法规、标准规范包括：《食品卫生管理法》及其“施行细则”、《商品检验法》及其“施行细则”、《标准法》及其“施行细则”、《输入食品查验作业要点》、《商品检验不合格处理办法》、《深层海水自愿性产品验证实施办法》、《外销食品及饲料厂场危害分析重要管制点管理系统验证基准》、《定量包装商品管理办法》等。

     “财政部国库署”为财政部直属机关，下设库务管理组、支付管理组、债务管理组、财务规划组、公股管理组和烟酒管理组等6组，在国家施政推动上扮演重要角色。其中烟酒管理组负责台湾地区的酒类管理，相关法规标准有《进口酒类查验管理作业要点》、《酒产制工厂设厂标准》、《酒制造业良好卫生标准》、《进口酒类查验管理办法》(自2016年1月1日施行)、《酒类卫生标准》和《酒品标示产制批号之执行作业规范》等。

     “台湾优良食品发展协会”始于1994年5月6日成立的台湾食品GMP发展协会。1996年6月，食品GMP融合ISO及HACCP等国际食品卫生安全系统的特点，建构更完善的质量保证系统；2006年，HACCP条文正式纳入食品GMP通则中，强化系统要求，追求更高的产品卫生安全与质量标准；2015年4月，“台湾食品GMP协会”更名为“台湾优良食品发展协会”。该协会主要提供以下服务：

一、食品卫生安全管理法规与标示咨询

二、TQF验证规章及ICT平台在线登载

三、食品产业登录及查验登记咨询

四、消费者食品安全咨询

五、优良食品认验证制度推广宣传

六、食品产业自主管理与国际接轨推广

     台湾还根据食品产品分类成立了一些专门的行业公会，公会成员由相关的食品企业组成，如台湾区乳品工业同业公会、台湾区饮料工业同业公会和台湾区罐头食品工业同业公会等。各公会网站对相关产品的法令规章进行了汇总，便于食品企业查阅参考。